Il territorio giapponese è costituito da quattro isole principali: Hokkaido, Honshu, Shikoku e Kyushu e da altre isole minori. Il Giappone è un paese prevalentemente montuoso e due terzi del territorio sono ricoperti da foreste. La maggior parte delle regioni è a clima temperato, con quattro stagioni, ma il clima di Okinawa, nella zona meridionale, è subtropicale, mentre quello di Hokkaido, a nord, è subartico. Grazie alla diversità climatica, la flora e la fauna in Giappone sono molto ricche e diversificate. Inoltre, su tutto il territorio sono preservati preziosi ecosistemi tra cui Shiretoko, la regione montuosa Shirakamisanchi, le isole Ogasawara e Yakushima, patrimonio naturale dell’umanità.